La Sociedad Colombiana de Ergonomía cuenta con una estructura organizacional diseñada para fomentar el desarrollo de la ergonomía en todo el país. Esta estructura se materializa a través de una Junta Directiva Nacional encargada de liderar, coordinar las estrategias generales de la organización y así como su representación internacional y de las juntas directivas de los capítulos regionales, las cuales desempeñan un papel fundamental en la ejecución de actividades específicas en sus respectivas regiones.